Zájmové kluby jsou nedílnou součástí ČMMJ. Mnohé mají dlouholetou tradici a významně podporují nejen rozkvět organizace a myslivosti, ale i mysliveckých tradic, dovednosti, umělecké tvorby, sdružují členy s konkrétním zájmem. Většina se aktivně zapojuje do práce s dětmi a mládeží, do vzdělávání a většina spolupracuje se zahraničními organizacemi podobného charakteru. Obecně jsou velice pozitivně přijímány širokou veřejností.
Kluby se účastní akcí pořádaných ČMMJ (např. výstavy) a organizují vlastní aktivity podle zájmu členů klubu. Jsou přímo napojeny na ČMMJ (dle Stanov ČMMJ a organizačních řádů klubů), organizovány jsou pod Kulturně-propagační komisí. Výjimkou je Klub sokolníků a Klub loveckých lukostřelců, které jsou organizovány pod Mysliveckou komisí. Zájemci se o členství hlásí přímo v jednotlivých klubech, které mají celorepublikovou působnost.
K dnešnímu dni existuje 10 klubů ČMMJ:
Klub sokolníků ČMMJ – založen 1967
Klub fotografů ČMMJ – založen 1989
Klub trubačů ČMMJ – založen 1991
Videoklub ČMMJ – založen 2001
Klub autorů ČMMJ – založen 2006
Klub přátel ČMMJ – založen 1998
Klub vábičů ČMMJ – založen 2010
Klub dámy české myslivosti ČMMJ – založen 2012
Klub lovecké lukostřelby ČMMJ – založen 2017
a Sborem zástupců ČMMJ byl v červnu 2017 schválen ke své činnosti také
klub Mladí myslivci ČMMJ
Více informací o jednotlivých klubech naleznete na webových stránkách klubů.