Ministerstvo zemědělství je také ústředním orgánem státní správy ve věcech komoditních burz, které organizují obchody se zbožím pocházejícím ze zemědělské a lesnické výroby, dále ve věcech veterinární a rostlinolékařské péče, péče o potraviny, o ochranu zvířat proti týrání a pro ochranu práv k novým odrůdám rostlin.

Ministerstvo zemědělství řídí Státní zemědělskou a potravinářskou inspekci, Státní veterinární správu, Státní rostlinolékařskou správu, Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský a Českou plemenářskou inspekci.

Pro usnadnění komunikace s veřejností má MZe 66 regionálních poboček - zemědělských agentur. Od 1.1.2003 přešly, v rámci přesunu kompetencí, pod správu MZe také pozemkové úřady.

Ministerstvo zemědělství ve spolupráci se Státním zemědělským intervenčním fondem provádí na základě nařízení vlády opatření a zavádí tržní pořádky pro stabilizaci trhů se zemědělskými výrobky a potravinami s cílem minimalizace výkyvů cen na domácím trhu.

MZe úzce spolupracuje s resortními výzkumnými ústavy, nevládními agrárními organizacemi, jednotlivými profesními i zájmovými svazy, spolky a společnostmi.

Úkolem ministerstva není řídit či plánovat zemědělskou, lesnickou nebo potravinářskou výrobu, ale vymezit příslušnou legislativou mantinely, v nichž se mohou naši podnikatelé pohybovat. Ministerstvo zemědělství přitom vychází z vládní zemědělské politiky a z programového prohlášení vlády. Jeho cílem je podpora "Evropského modelu zemědělství" s důrazem na rozvoj multifunkčního zemědělství, zaměřeného jednak na zemědělskou produkci, ale i na zajišťování služeb údržby a tvorby krajiny, na další environmentální služby a na nezemědělské činnosti. Stále většího významu nabývá hlubší propojení zemědělství s obnovou a rozvojem venkova.