Zájmové kluby jsou nedílnou součástí ČMMJ. Mnohé mají dlouholetou tradici a významně podporují nejen rozkvět organizace a myslivosti, ale i mysliveckých tradic, dovedností, umělecké tvorby, sdružují členy s konkrétním zájmem. Většina se aktivně zapojuje do práce s dětmi a mládeží, do vzdělávání a spolupracuje se zahraničními organizacemi podobného charakteru. Obecně jsou velice pozitivně přijímány širokou veřejností.
Kluby se účastní akcí pořádaných ČMMJ (např. výstavy) a organizují vlastní aktivity podle zájmu členů klubu. Jsou přímo napojeny na ČMMJ (dle Stanov ČMMJ a organizačních řádů klubů), organizovány jsou pod Kulturně-propagační komisí. Výjimkami jsou Klub sokolníků a Klub loveckých lukostřelců, které jsou organizovány pod Mysliveckou komisí. Zájemci se o členství hlásí přímo v jednotlivých klubech, které mají celorepublikovou působnost.
V současné době existuje devět klubů ČMMJ:
založen 2006
založen 2012
založen 1989
založen 2017
založen 2017
založen 1967
založen 1991
založen 2010
Klub přátel ČMMJ
založen 1998